Faşist Almaniyası ilə müharibənin başlanması S.Vurğunun həyatında və yaradıcılığında yeni bir səhifə açdı. Şair öz mövqeyini dərhal elan etdi:
O, müharibənin ilk günündən sonuna kimi təkcə qələmi ilə deyil, ictimai fəaliyyəti ilə də insanları qələbəyə ruhlandırdı. Cəbhədə döyüşçülərlə görüşən şairin şeirləri əl-əl gəzirdi. Övladlarını yola salan ata-anaların arzuları, hiss və həyəcanları ("Ananın öyüdü”, "Qoca qəhrəmanın dedikləri” və s.), döyüşçü obrazlarının canlandırılması ("Partizan Babaş”, "Azərbaycan balası” və s.), arxa cəbhədəki insanların fədakarlığı ("Qızxanımın hünəri” və s.) şairin daha çox müraciət etdiyi mövzulardan idi. Müharibəni insanlıq üçün bəla, şər sayan mütəfəkkir şair onun fəlsəfi şərhini verməyə də çalışır. "Dörd söz”, "İstiqbal təranəsi” və s. şeirlərində, "İnsan” pyesində oxucunun diqqətini məsələnin məhz bu cəhətinə yönəldir.
Şairin müharibə dövründə qələmə aldığı "Fərhad və Şirin” mənzum pyesi, "Ayın əfsanəsi”, "Hürmüz və Əhrimən”, "Bakının dastanı” poemaları ədəbiyyatımıza qiymətli töhfələr idi.
S.Vurğun müharibədən sonra ictimai fəaliyyətini daha da genişləndirmişdir. O, 1941-ci ildən 1948-ci ilə kimi Azərbaycan Sovet Yazıçıları İttifaqının İdarə Heyətinin sədri vəzifəsində işləmiş, 1945-ci ildə akademiyanın həqiqi üzvü.1954-cü ildə isə
Fəaliyyətinin coşqun bir dövründə - 1955-ci ildə şair ağır xəstələndi. Sağalmaz xəstəliyə tutulan böyük sənətkarın 50 illik yubileyi 1956-cı il may ayının 12-də keçirildi. Bu yubileyi sevinc və təntənə ilə qeyd edən xalq az sonra - mayın 27-də şairin vəfatından matəmə batdı. Onu son mənzilə yola salmaq üçün on minlərlə insan paytaxta yığışmışdı. Xatirəsi əbədiləşdirilmiş, Bakıda heykəli ucaldılmışdır. Azərbaycanın xalq şairi fəxri adı ilk dəfə 1956-cı ildə Səməd Vurğuna verilmişdir.