Qarabağ xanlığının Rusiyaya ilhaq edilməsindən sonra çar hökuməti bu bölgədə möhkəmlənmək məqsədi ilə yerli müsəlman-türk əhalini sıxışdırmağa və ərazisinə erməniləri köçürməyə başladı. 1822-ci ildə xanlıq ləğv edildikdən sonra, Şimali Azərbaycanın digər yerlərində olduğu kimi, burada da komendant idarə üsulu yaradıldı və mərkəzi Şuşa olan Müsəlman əyalətləri rəisliyinin tərkibinə daxil edildi.
Qarabağ xanlığı ləğv edildiyi zaman onun əhalisinin sayı və etnik tərkibi Qafqazdakı rus qoşunlarının baş komandanı A.Yermolovun göstərişi ilə 1823-cü ildə tərtib olunmuş əhalinin siyahıya alınması ilə bağlı “Təsvir”də əksini tapmışdır. Bu sənəd sübut edir ki, Qarabağ xanlığının işğalından sonra çar Rusiyası tərəfindən aparılmış erməniləşdirmə siyasətinə baxmayaraq, burada əhalinin böyük əksəriyyətini azərbaycanlılar təşkil edirdi. Həmin “Təsvir”ə görə, Qarabağ əyalətində yaşayan 20095 ailədən 15729-u azərbaycanlı, 4366-sı xristian idi. Bu xristian əhalinin çoxu qriqorianlaşdırılmağa* , bunun nəticəsində isə sonrakı dövrlərdə assimilyasiyaya* məruz qalaraq tədricən erməniləşdirilmiş keçmiş albanlar idilər. Qriqorian məzhəbini qəbul etməyən albanların bir hissəsi o dövrdə Gürcüstana və digər bölgələrə köç etdi. Rusiya işğalından sonra ermənilərin kütləvi şəkildə Qarabağa köçürülməsi zamanı burada ilk erməni kəndləri yarandı. (1978-ci ildə ermənilər Qarabağa köçürülmələrinin 150 illiyi münasibətilə Ağdərədə abidə ucaltmış, lakin on il sonra Azərbaycana qarşı ərazi iddiaları qaldırdıqları zaman onu dağıtmışdılar.)
1828-ci il Türkmənçay və 1829-cu il Ədirnə müqavilələrindən sonra Şimali Azərbaycanın digər bölgələri ilə birgə Qarabağa ermənilərin kütləvi köçürülməsi həyata keçirildi. Rəsmi məlumatlara əsasən, 1828-1830-cu illərdə Şimali Azərbaycana, o cümlədən Qarabağa Qacarlar dövlətinin ərazilərindən 40 mindən çox, Osmanlı imperiyasından 90 minə qədər erməni köçürüldü.