Gəncə və Bakı xanlıqlarında xanlıq idarə sistemi ləğv edilmiş, əvəzində komendant idarə üsulu yaradılmışdı.
Rusiyanın tərəfinə keçmiş xoylu Cəfərqulu xan Şəki xanı təyin edildi. O özünün keçmiş Xoy xanlığı əhalisinin bir hissəsini Şəkiyə köçürdü. Azərbaycanlılardan və ermənilərdən ibarət olan bu köçkünlər Şəki şəhərinin ətrafında bir neçə kənd saldılar.
Quba xanlığında yerli bəylərdən ibarət əyalət şurası təşkil olundu. Keçmiş Bakı xanı II Mirzə Məhəmməd xan şuranın sədri təyin edildi. Şura formal xarakter daşıyır, rus hərbi dairələrinin nəzarəti altında fəaliyyət göstərirdi. Əslində, bu da komendant idarə üsuluna keçid idi. Rus əsgərləri Qubada soyğunçuluqla məşğul olurdu. Əyalət şurası bu özbaşınalıqların qarşısını ala bilmirdi.
Xanlıq idarəetmə sistemi, formal da olsa, saxlanılmış xanlıqlarda xan idarə üsulu uzun sürmədi. 1819-cu ildə Şəki xanlığı ləğv edildi. Şəki xanlığının ardınca digər xanlıqlar da ləğv olundu. 1826-cı ildə Lənkəran xanlığının ləğv olunması ilə Şimali Azərbaycanda xanlıq idarəetmə sisteminə son qoyuldu.
İşğal olunmuş Şimali Azərbaycan ərazisində əyalət, dairə və distansiyalar yaradıldı. Əyalətlərin və dairələrin başında Qafqazın baş hakimi tərəfindən təyin edilən komendantlar dayanırdı.
Çar Rusiyasının irticaçı siyasəti iç üzünü göstərdi. Azərbaycanda xanların, bəylərin, ağaların və başqa yerli hakimlərin hüquqları məhdudlaşdırılırdı. Onların ölkədən çıxıb getməsi üçün hər cür fitnəyə əl atırdılar. Vətəni tərk edən xanların və onların varislərinin torpaqları, mülkləri xəzinənin (dövlətin) ixtiyarına verilir, ayrı-ayrı rus və erməni hərbçiləri tərəfindən ələ keçirilirdi. General Mədətov Qarabağda o qədər torpaq ələ