Ağa Məhəmməd şah Qacar ətraf kəndlərdən lazımi miqdarda ərzaq və silah topladıqdan sonra Şuşaya yaxınlaşdı. Şuşa qalası İbrahimxəlil xanın başçılığı ilə müdafiə olunurdu. Müdafiəçilərin döyüş əzmini qıra bilməyən Şah Qacar qala divarlarını topa tutdu. Qala divarlarının top atəşindən dağılmağa başladığını görən İbrahimxəlil xan dəstəsi ilə qaladan çıxaraq şah qoşunu ilə qeyri-bərabər döyüşə girdi, lakin mühasirəyə düşdü. O, mühasirədən çıxsa da, qalaya qayıda bilmədi və Şuşa qalasının müdafiəsi başsız qaldı. Qacar Şuşa əhalisini təslim olmağa çağırdı. Şuşa ağsaqqalları böyük müzakirədən sonra öz nümayəndələrini Qacarın yanına göndərdilər. Nümayəndə bildirdi ki, əhali Qacarı qalaya buraxmağa ehtiyat edir.
Mənbələrdə deyilir ki, Ağa Məhəmməd şah Quranı götürüb öz möhürünü onun üzərinə basdı və and içdi ki, Şuşada kimsəyə toxunmayacaqdır. Şuşa əhalisi isə Qacara təzminat verməli idi. İstənilən məbləğ iki günə yığıldı, bundan sonra qalanın əsas qapıları açıldı.
Ağa Məhəmməd şah Qacarın öldürülməsi və Qacar ordusunun geri çəkilməsi. 1797-ci ildə Ağa Məhəmməd şah Qacar Azərbaycanın şimal xanlıqlarını tabe etməyə müəyyən dərəcədə nail oldu. Bundan sonra o, yenidən Gürcüstana yürüşə hazırlaşırdı. Lakin Şuşada sui-qəsd nəticəsində öldürülməsi onun planlarını yarımçıq qoydu və Səfəvi dövlətinin sərhədlərinin bərpası mümkün olmadı. Qacar ordusu Azərbaycanın şimal torpaqlarını tərk etdi.
Beləliklə, çar Rusiyasının xanlıqlara və sultanlıqlara parçalanmış Azərbaycanı işğal etməsi üçün əlverişli şərait yarandı.