Qarabağ xanlığı üzərinə yeriyən Ağa Məhəmməd xan Şuşa qalasını mühasirəyə aldı. Şuşa qalası 33 gün müdafiə olundu. Mühasirə şəraitinə və ərzaq qıtlığına davam gətirməyən Qacar ordusu Şuşanı tuta bilmədi. Vəziyyətin çətinliyini görən Qacar planını dəyişməyə məcbur oldu, Şuşanın mühasirəsini dayandırıb Tiflisə doğru hərəkət etdi.
Azərbaycan üçün belə çətin məqamda da xanlıqlar arasında çəkişmələr davam edirdi. Hətta bəzi xanlıqların öz daxilində də hakimiyyət uğrunda mübarizə gedir və saray çevrilişləri baş verirdi. Bu da həmin xanlıqların siyasi mövqeyində dəyişikliklərə səbəb olurdu. Ağa Məhəmməd xan Qacar Şamaxı xanlığı üzərinə yürüşə başladı. Qacarın gəldiyini eşidən Şamaxı xanı Mustafa xan əhaliyə şəhəri tərk etməyi əmr etdi. Qacarın ordusu boş qalmış şəhərə daxil oldu. Bundan sonra Ağa Məhəmməd xan Qacar Dağıstan hakimlərinə fərman göndərərək ona tabe olmalarını tələb etdi. Şamaxı şəhərini tutsa da, şamaxılılar Qacarın təyin etdiyi hakimə itaət etmədilər, mübarizəyə qalxaraq onu öldürdülər. Fit dağında mövqeyini möhkəmləndirən Mustafa xan isə Qacar ordu hissələrinin Dərbənd istiqamətində hərəkətinə mane oldu.