İkinci nəzəriyyə tərəfdarları isə ehtimal edirdilər ki, epidemiyanın inkişafına və yayılmasına səbəb “gizli” varlıqlardır. Bu fikrin müəlliflərindən biri qədim yunan filosofu Aristotel (e.ə. 384—322) olmuşdur. İki nəzəriyyənin tərəfdarları arasında olan daimi diskussiya epidemiologiyanın gələcək inkişafına təkan vermişdir.
Antoni Van Levenhukla başlayan mikroskopik tədqiqatların inkişafı böyük mikrobioloji kəşflərə gətirib çıxardı. XIX əsrin ikinci yarısında Robert Koxun, Lui Pasterin və onların şagirdlərinin tədqiqatları yoluxucu xəstəliklərə qarşı mübarizədə bir çox praktik tədbirlərin: müasir diaqnostika, dezinfeksiyadan istifadə, vaksin və zərdabların köməyi ilə spesifik profilaktik tədbirlərin hazırlanması, təcrübədə geniş tətbiqi üzrə və s. kimi praktik tədbirlərin işlənməsi zərurətini yaratdı.
Epidemiologiyanın inkişafı aşağıdakı dövrlərə bölünür:
Yoluxucu xəstəliklərin yayılma qanunauyğunluqlarının öyrənilməsi üçün bir neçə metodiki tədqiqat üsullarının vəhdətindən və ya kompleks epidemioloji metoddan istifadə olunur.