Sitogenetikada xromosomların öyrənilməsi sahəsində Morqan öz əməkdaşları ilə çalışarkən çarpazlaşma nəticəsində alınan nəsillərdə əlamətlərin qeyri-adi nisbətinin səbəblərini açmağa və irsiyyətin xromosom nəzəriyyəsini formalaşdırmağa nail oldu. Bu nəzəriyyənin əsas müddəaları aşağıdakılardır:
1. Müxtəlif genlər eyni xro-mosomlarda yerləşə bilir. Hər bir xromosom ilişikli genlər qrupunu təmsil edir. Homoziqot orqanizmlərdə ilişikli qrupların sayı haploid dəstdə olan xromosomların sayına bərabərdir.
2. Hər bir gen xromosomda müəyyən yer (lokus) tutur; xro- mosomlarda genlər düz xətt üzrə yerləşir.
3. Homoloji xromosomlar arasında allel gen mübadiləsi gedir.
4. Xromosomda genlər arasında məsafə onların arasındakı krossinqoverin sayına düz mütənasibdir.