Qarabağ xanlığının məruz qaldığı aramsız hücumlar nəticəsində Pənahəli xan daha etibarlı, daha əlverişli və düşmən hücumu üçün əlçatmaz olan yeni bir paytaxt-qala tikdirməyə qərar verir. Toplanmış məşvərət məclisində o əyanlara müraciətlə deyir Biz gərək dağların içində möhkəm və keçilməz yerdə elə bir əbədi və sarsılmaz şəhər qalası tikək ki onu güclü düşmən belə mühasirə edə bilməsin. Qalanın bir tərəfi dağlarda olan ellərin üzünə daim açıq olmalı və mahallarla rabitəmiz, əlaqəmiz bir an belə kəsilməməlidir”. Azərbaycanın dəniz səviyyəsindən 1300-1600 m hündürlükdə olan qədim yaşayış məskəni Şuşanın yerləşdiyi əlçatmaz dağ yaylası bütün bu tələblərə cavab verirdi.
Beləliklə, azərbaycanlıların qədim yaşayış məskəni olan Şuşa ərazisində Qarabağ xanlarının yeni iqamətgahının tikintisinə başlanıldı. Yeni şəhər-qala mövcud olduğu ilk illərdə öz banisinin adı ilə Pənahabad, sonralar isə Şuşa adlandırıldı və Qarabağ xanlığının daimi paytaxtına çevrildi.
Şəhərin adının etimoloji mənasının Azərbaycan-türk dilinə mənsub olması heç bir şübhə doğurmur. Bu ad şəhərin salındığı relyefə uyğun olub qədim türk dilində “yayla”, “piramida”, “şiş qaya” mənasını daşıyır. Təsadüfi deyildir ki, bu şəhər xalq arasında və bir sıra bədii əsərlərdə “Şişə” kimi də məşhurdur.