Kür və Araz respublikanın ən iri çaylarıdır. Onlar tranzit və ya transsərhəd çaylar olub mənbələri respublikadan kənarda yerləşir. 2007-ci ildən başlayaraq ölkə ərazisində 200-dən çox təmizləyici qurğu quraşdırılmasına baxmayaraq, çaylarda çirklənmə dərəcəsi 4 dəfədən çox artmışdır. Əsas çirklənmə mənbələri sənaye tullantıları, kənd təsərrüfatı, fermer təsərrüfatlarının çirkab suları, çay sahili boyunca yaşayan şəhər və kənd əhalisinin məişət tullantılarıdır.
İri müəssisələrin sənaye tullantıları təmizləyici qurğularda təmizləndikdən sonra su obyektlərinə axıdılır. Kiçik yaşayış məntəqələrində, demək olar ki, təmizləyici qurğular yox dərəcəsindədir və tullantılar heç bir təmizlənmə aparılmadan birbaşa çaylara axıdılır.
Kür (a) və Araz (b) çayları pambıq, taxıl sahələrinin və meyvə bağlarının yerləşdiyi məhsuldar torpaqlardan keçir. Fermerlər torpaqlara üzvi və mineral gübrələr verir, zərərvericilərə qarşı mübarizədə isə kimyəvi dərmanlardan istifadə edirlər. Bu maddələr torpaqlardan yuyulur, su hövzələrinə və çaylara axır, onları çirkləndirərək balıq və digər canlı orqanizmlərin kütləvi məhvinə səbəb olur. Çaylar Azərbaycan ərazisinə daxil olana qədər Gürcüstan, Ermənistan, Türkiyə və İran ərazisindən keçir.