Kimyəvi analizlər bu və ya digər nümunədə hansısa maddənin yaxud kimyəvi gübrələrin və pestisidlərin çöküntülərinin olub-olmamasını təyin etmək üçündür. Əlavə etmək lazımdır ki, kimyəvi analizlər çox baha başa gəlir və bunun üçün xərcləri fermer təsərrüfatı ödəməlidir.
Sertifikatlaşdırma orqanı müəyyən prosedurlar daxilində təsərrüfatı və ya şirkəti qiymətləndirir və yazılı şəkildə bildirir ki, o, (yəni sertifikatlaşdırmaya iddialı qurum) həqiqətən də ekoloji standartların tələblərinə cavab verir. İnspektor öz qeydlərini yazılı şəkildə sertifikatlaşdırma orqanına göndərir. Sertifikatlaşdırma orqanı yoxlamanın nəticələrini ekoloji standartların tələbləri ilə müqayisə edir. Sertifikatlaşdırma orqanı qərar verir ki, sertifikatlaşdırmaya icazə verilə bilər ya yox.