После подавления восстания многие офицеры Национальной армии, в том числе 12 генералов, были арестованы. Они были доставлены в Баку и расстреляны на острове Наргин. Гянджа в течение 3-х дней была разграблена русскими солдатами и их армянскими приспешниками. Погибло более 13 тысяч мирных жителей города.
Гянджинское восстание сильно напугало Советскую Россию. В Азербайджан было послано большое количество дополнительных войск.
Второе значительное восстание против советского режима произошло 29 мая 1920 года в Карабахе. Во время вторжения XI Красной армии этот регион контролировался конными и пешими частями Национальной армии. Советская власть с целью разоружения частей Национальной армии послала в Карабах две дивизии. Азербайджанские военные 5 июня, вступив в бой, нанесли большой урон врагу в Тертере, Агдаме и Шуше. Восстанием руководил Нуру-паша.
Советская власть в Карабахе была свергнута, Нуру-паша был провозглашен правителем Карабаха. Но при поддержке дополнительных военных частей XI Красная армия к 13 июня смогла подавить восстание. Над азербайджанским населением Карабаха была организована расправа при активном участии армян. Уцелевшие части Национальной армии перешли в Южный Азербайджан и Турцию.Они приняли участие в турецком освободительном движении.
6 июня 1920 года началось восстание в Закатале. Основную часть восставших составляли крестьяне. Конный полк Национальной армии также присоединился к сражению против Красной армии. Восстанием руководил профессиональный военный Ахмедиев и пользовавшийся авторитетом у местного населения Хафиз Эфенди. Восставшие освободили от большевиков Закаталу и Гах. Но советские власти, стянув дополнительные силы, подавили восстание. Оставшиеся в живых восставшие скрылись в Грузии. В регионе была устроена кровавая расправа над населением.
Сравните Закатальские восстания 1863 и 1920 годов.
В мае 1920 года на борьбу против русских захватчиков поднялись жители Гёйнюкского магала Нухинского уезда. Центром вооруженного восстания было село Баш Гёйнюк. Восстание, продолжавшееся более месяца, после упорных боев, шедших с утра до вечера 15 июня, завершилось переходом села в руки большевиков. Большевики уничтожили большинство мужчин этого села. В это время по подстрекательству армян был убит видный народный поэт Молла Джума.
Летом 1920 года произошло восстание против советского режима в Шамкирском уезде. Против русских наряду с мужчинами здесь отважно сражались женщины и дети. Вначале правительственные силы оказались в беспомощном положении перед восставшими. Большевики вынуждены были направить в уезд 4 дивизии XI Красной армии. Восстание было подавлено с большим трудом.
Осенью 1920 года произошло восстание против оккупационного режима в Лянкяране. С большим трудом Красная армия потопила восстание в крови лишь к началу 1921 года.
Усиление антисоветского сопротивления во всех регионах Азербайджана сильно встревожило оккупационный режим. Командование XI Красной армии вынуждено было думать о необходимости контролировать хотя бы только Апшерон с нефтеносным Баку. Началось возведение оборонительных укреплений в окрестностях Баку. Советская Россия была вынуждена послать в «независимый» Советский Азербайджан дополнительно 7 дивизий.