Иногда из-за механических повреждений или вследствие других причин на диске возникают испорченные сектора. Такие сектора называют плохими (bad sectors). Операционная система не может использовать их для хранения данных. Если часть файла, хранящегося на диске, окажется на плохих секторах, операционная система не сможет прочитать файл и выдаст сообщение об ошибке (File system error). С помощью программы ScanDisk, имеющейся в составе операционной системы Windows, можно находить и исправлять ошибки в структуре жесткого диска.
На жестком диске компьютера имеются миллиарды секторов, поэтому операционная система работает не с отдельными секторами, а с группой их. Группа секторов называется кластером. Размер кластера определяется по размеру жесткого диска (обычно 4 Кб).Каждый файл занимает целое число кластеров. Операция по сохранению файла на жестком диске происходит так: операционная система сохраняет часть файла в одном свободном кластере, вторую часть во втором свободном кластере и т.д. Если запись производится на незаполненный диск, то кластеры, принадлежащие одному файлу, записываются подряд. Если диск переполнен, на нем может не найтись цельной области (последовательных кластеров), достаточной для размещения файла.Тем не менее
запишется, если на диске много мелких областей, суммарный размер которых достаточен для записи. В этом случае файл записывается в виде нескольких фрагмен- тов. Если компьютер находится в использовании достаточное количество времени, многие файлы на нем оказываются "разбросаны" по диску фрагментами.