Şuşa qəza məktəbinin açılması ilə Azərbaycanda Avropa tipli dünyəvi təhsilin əsası qoyuldu. Sonralar Bakı, Şəki, Gəncə, İrəvan, Dərbənd, Naxçıvan və Şamaxı şəhərlərində də qəza məktəbləri açıldı. Bu məktəblərdə təhsil rus dilində olsa da, bir fənn kimi Azərbaycan dili də tədris olunurdu. Hətta Azərbaycan dilində bir neçə dərslik hazırlanmışdı. 1857-ci ildə qəza məktəblərində azərbaycanlı şagirdlərin sayı 148-ə çatmışdı.
1872-ci il Əsasnaməsi ilə Şimali Azərbaycanın bütün qəza məktəbləri altıillik təhsil verən pullu şəhər məktəblərinə çevrildi. 1874-cü ildə ibtidai kənd məktəblərinin yaradılması haqqında yeni Əsasnamə qəbul edildi.
Şimali Azərbaycanda ilk rusdilli orta təhsil müəssisəsi - gimnaziya Rusiya hökuməti tərəfindən 1865-ci ildə Bakıda açıldı. Sonralar Gəncədə də belə bir gimnaziya fəaliyyətə başladı. Bakıda ilk qız gimnaziyası isə 1874-cü ildə yaradıldı. Orta məktəblərdə təhsil ödənişli idi.
Yəni açılan məktəblərdə dərs demək üçün müəllim kadrları hazırlanmasında 1876-cı ildə Qoridə açılmış Cənubi Qafqaz Müəllimlər Seminariyası mühüm rol oynadı. M.F-Axundzadənin və Aleksey Çernyayevskinin gərgin səyi nəticəsində 1879-cu ildən seminariyanın Azərbaycan şöbəsi fəaliyyətə başladı.
Təhsil sahəsində mühüm yeniliklərdən biri də Azərbaycan ziyalılarının təşəbbüsü və səyi ilə rus-azərbaycanlı məktəblərinin açılması idi. Bu məktəblər, əsasən, azərbaycanlı şagirdləri orta məktəbə hazırlayırdı. Bakıda ilk belə məktəb 1887-ci ildə gənc pedaqoqlar Həbib bəy Mahmudbəyov və Sultan Məcid Qənizadə tərəfindən yaradılmışdı. Digər rus məktəblərindən fərqli olaraq, bu məktəblərdə birinci tədris ilində Azərbaycan dili məcburi fənn kimi keçilirdi.