Позже Фатали переводят в город Тифлис. Здесь он приступает к службе в главном управлении России по Кавказу в качестве переводчика. Вскоре ему присваивается военное звание.
В Тифлисе М.Ф.Ахундзаде также занимался учительством. В Тифлисской уездной школе он преподаёт азербайджанский и персидский языки. Он был одним из образованнейших людей своего времени, поэтому к нему начинают обращаться, называя его «Мирза».
Мирза Фатали Ахундзаде впервые на Востоке создал произведения в жанре драмы.
Своими комедиями Мирза Фатали Ахундзаде положил начало новому периоду азербайджанской литературы. Царящие в обществе отрицательные явления попадали под обстрел критики Мирзы Фатали. Его произведения не только вызывали смех, но и заставляли
задуматься. Именно комедией М.Ф.Ахундзаде «Приключения визиря Лянкяранского ханства» в 1873-ом году была заложена основа национального театра в Азербайджане.
Мирза Фатали также является первым в исламском мире реформатором алфавита. М.Ф.Ахундзаде считал, что трудности арабского алфавита тормозят просвещение народа. На основе латинского алфавита Мирза Фатали составил новый азербайджанский алфавит. Усвоить этот алфавит было нетрудно. Сторонники арабского алфавита не допустили принятия алфавита, составленного Мирзой Фатали.
*Уездная школа — начальная школа, созданная в 19-ом веке в уездах, являвшихся административно-территориальными делениями