Написанное им в 1841 году произведение «Гюлистани-Ирем» («Райский цветник») сыграло огромную роль в развитии исторической науки в Азербайджане.
Произведение охватывает период истории Азербайджана и Дагестана, начиная с древнейших времён до 1813 года. При написании произведения «Гюлистани-Ирем» Аббасгулу ага Бакиханов использовал более ста источников. Бакиханов писал, что историческая наука даёт человеку высоконравственное воспитание и полноценные знания, показывает будущим поколениям пути прогресса и упадка. Также он отмечал, что эта наука изучает мировой опыт.
Бакиханов также занимался астрономией, географией и другими науками. Он писал: «Добро и богатство превратятся в прах, сила и власть будут утрачены... Единственным надёжным богатством, на которое можно было бы положиться, являются наука и этика».